中国铁路南昌局集团有限公司所辖下属单位69个，其中运输站段47个、其他单位6个、一级非运输企业11个、集团公司管理的建设项目管理机构5个。管辖车站494个，其中特等站2个、一等站17个。中国铁路南昌局集团有限公司机关经营管理机构54个，其中职能机构25个，生产机构4个，附属机构24个，派出机构1个。

中国铁路南昌局集团有限公司管内有国铁集团重点监管的控股合资铁路公司2个，分别为昌九城际铁路股份有限公司（管理昌九、沪昆、衡茶吉3个合资公司）和东南沿海铁路福建有限责任公司（管理东南、京福闽赣、向莆3个合资公司）。

1.运输站段47个

直属站5个：南昌车站、福州车站、厦门车站、鹰潭车站、向塘西车站。

车务段10个：南昌车务段、九江车务段、上饶车务段、宜春车务段、赣州车务段、福州车务段、南平车务段、永安车务段、龙岩车务段、漳州车务段。

客运段2个：南昌客运段、福州客运段。

机务段4个：南昌机务段、向塘机务段、鹰潭机务段、福州机务段。

供电段4个：南昌供电段、鹰潭供电段、福州供电段、厦门供电段。

工务（桥工、机械）段12个：南昌工务段、南昌高铁基础设施段、九江桥工段、鹰潭工务段、赣州工务段、萍乡工务段、福州工务段、厦门工务段、永安工务段、龙岩工务段、南平工务段、鹰潭工务机械段。

电务段2个：南昌电务段、福州电务段。

通信段1个：南昌通信段。

车辆段5个：南昌车辆段、南昌南车辆段、福州车辆段、福州东车辆段、福州动车段。

房建生活段2个：南昌房建生活段、福州房建生活段。

2.其他单位6个

科学技术研究所、南昌疾病预防控制所（南昌卫生监督所）、党校、福州职工培训所、新余职工培训所、融媒体中心。

3.一级非运输企业11个

江西京九物流有限公司、福建汇丰物流有限公司、福建铁路实业发展有限公司、南昌铁路科技信息有限公司、南昌铁路天河建设有限公司、南昌铁路通达工贸有限公司、江西南铁广告传媒有限公司、南昌铁路天集房地产开发有限公司、江西赣榕地方铁路开发有限公司、江西南铁商务旅行服务有限公司、南昌华路建设咨询监理有限公司。

4.集团公司管理的建设项目管理机构5个

福建铁路建设指挥部、瑞梅铁路工程建设指挥部、厦门国际物流港有限责任公司、南昌铁路建设指挥部、厦门枢纽改造工程建设指挥部。